人智の及ばない事物（神秘）が存在するとする考え方である。英語の mysticism の訳語にあたるが、 mysticism は、この立場での神学や哲学を指すこともあり、この場合は神秘主義思想、あるいは神秘思想と訳される。
神秘主義思想には、神秘を体験するための技法や体系などを含むが、合理的、科学的な手法を批判的に捉える傾向がある。だが、自然科学で得られた知見を体系に取り入れることも、また多い。
神秘とは、人間がその知識や能力をもってしても全容を把握する（=知る）ことができない事物のことで、神や、「究極の真実」「霊的世界」などがこれに含まれる。 日本語では神が秘めたること(もの)という意味。 日本文明圏においては神とはもともと先祖(かみ＝上；時間的な先人)という意味から発し、それが秘め(隠し)たことという語意となる。隠す場合、(多神教的)社会システムの変化、王朝とその宗教神話の変化、王権と政治的権威の変容、イデオロギーや思想の革命的断絶に伴い、その前の世代の発言を歴史的に抹殺しようとする価値変革を伴う歴史の力にあがなっても貴重であると思われる一種の価値。あるいは現代思想を突き破る古層性を秘めた価値のこと。
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人間は、一般的な事物について、それを言葉などで表現して伝えることができる。だが、神秘は、人間が把握している既存の事物との関連で表現することができない。すなわち、神秘は三次元的な科学的経験､あるいは法則として知覚することはできず、霊的世界などを直接体験したり、間接的に認識することによってのみ、知ることができる。という見方もあるが、三次元的な空間に歴史という時間軸を入れた四次元的なものの見方の特に情熱的な形態をとった見方。
例えば、光を見たことのない盲人に、光を見るのがどんな感じなのかを伝えることは難しい。光を見るという体験を、その他の感覚、聴覚や触覚、味覚、嗅覚で説明することはできない。神秘とは、そのようなものだといわれる。それをマトモに付き合う必要はないが重要なのはそういう思想的考古学により一種の哲学が宿る情況が現れる。そういった意味でニーチェなどもギリシャ悲劇を原点に重要な現代の弱点を指摘し続けている。
また、体験することも知ることもできない神秘が、最終的に残るとする考え方もある。